Almanzor destruyó en el año 997 la antigua sede episcopal que se situaba al lado del río Sar. Por ello, Don Cresconio decide trasladar la sede lejos del embarcadero por donde los invasores solían desembarcar. Por eso la lleva hasta la basílica cementerial de Santa Eulalia, en Padrón, dándole el nombre de Santa María.
La iglesia Colegiata de Santa María de Iria Flavia se construye durante los años 1037-1068 y el estilo predominante es aquel que manda por este siglo, el románico. Por eso, se realiza una basílica de planta basilical con tres naves y tres altares. En 1095 la sede se traslada a Santiago y con ello la iglesia entra en decadencia.
En 1134, el arzobispo Gelmírez, declara la iglesia de Iria Flavia como segunda catedral de Compostela con un prior y doce eclesiásticos. En los siglos XIII y posteriormente XVI, la iglesia sufre grandes transformaciones y es de nuevo reedificada.
La actual Colegiata de Santa María de Iria Flavia es la cuarta después de Santa Eulalia y se construyó durante los años 1708 y 1714, bajo la orden del arzobispo de Santiago, Fray Antonio Monroy y encargada al maestro Pedro García de Cotobade.
